2006-2009 წლებში კავკასიური ინსტიტუტის თემატური პრიორიტეტებს წარმოადგენს:
1. სამოქალაქო ინტეგრაცია ეთნო-კონფესიური პლურალიზმის პირობებში
2. ფუნქციონალური დემოკრატიული ინსტიტუტების განვითარება
3. პოლიტიკის ფორმირების პროცესის გაუმჯობესება და პოლიტიკური დიალოგის მხარდაჭერა
კავკასიური ინსტიტუტი გეგმავს საჯარო პოლიტიკის საკითხებზე კვლევის გაგრძელებას და შესაბამისი პოლიტიკური რეკომენდაციების შემუშავებას. ინსტიტუტი შეეცდება პოლიტიკურ აქტორებთან თანამშრომლობის გზით პოლიტიკურ არჩევანზე ზეგავლენას.