კავკასიური ინსტიტუტის სტრატეგიას განსაზღვრავს და საქმიანობას ზედამხედველობს გამგეობა, რომელიც 7 წევრისგან შედგება. ინსტიტუტის თავმჯდომარე არის გია ნოდია. აღმასრულებელი დირექტორია ავთანდილ ჯოხაძე, რომელიც ინსტიტუტის ადმინისტრაციას უდგას სათავეში. ინსტიტუტის პროექტებს ზედამხედველობს და ახორციელებს აღმასრულებელი საბჭო, რომელიც შედგება ინსტიტუტის სამი ძირითადი პროგრამის -სამოქალაქო ინტეგრაცია, დემოკრატიული ინსტიტუტების განვითარება და პოლიტიკის განვითარება - ფარგლებში მიმდინარე პროექტების ხელმძღვანელებისგან.